Alors qu'ils traversent une forêt, Sacha, Pikachu et leurs amis découvrent une jeune garçon inconscient, Sammy et le légendaire Pokémon Celebi qui a le fabuleux pouvoir de voyager dans le temps. Les deux compagnons viennent du passé. Mais au cours de leur voyage, un ennemi terrible les a poursuivis. Sacha, Pikachu et leurs amis arriveront-ils à aider Celebi et Sammy à lutter contre ce nouvel ennemi ?