Shinji se réveille 14 ans après avoir vécu à bord du cuirassé AAA Wunder, qui appartient à une organisation anti-Nerv créée par d'anciens membres du Nerv. Shinji entend la voix de Rei qui semble provenir d'EVA Mark.09 et l'appelle au secours. Il quitte donc Wunder et se dirige vers le Nerv. Kaworu Nagisa montre à Shinji le pays dévasté. Il apprend que le sauvetage de Rei a déclenché le Troisième Impact qui a provoqué une catastrophe sur Terre.