Alors qu'un ouragan vient de dévaster Tokyo, deux reporters sont envoyés sur les restes d'un site industriel. Là, ils découvrent une étrange substance. Au même moment, des pêcheurs attrapent un immense oeuf dont les scientifiques n'arrivent pas à percer le secret. Toharata, un puissant homme d'affiares, l'achète et en fait une attraction particulièrement lucrative. La fameuse créature Godzilla sort de l'ombre et attaque une nouvelle fois le Japon. La seule issue pour les humains sera de demander de l'aide à une autre bête géante, Mothra, à qui appartient l'oeuf...