En l'an 2002, devant la prolifération des robots Labor, une escouade Patlabor est créée afin d'empêcher l'utilisation de cette technologie par des criminels. La destruction, en Asie du Sud-Est, d'une équipe de Labor, est la déclaration d'une guerre terroriste mondiale. Désormais, l'escouade Patlabor doit protéger la ville, sous les ordres d'un responsable ambigu, qui n'est autre que Nagumo...