Troisième volet de la franchise Deep Blue Sea. Emma Collins, une éminente biologiste marine, et son équipage ont installé un laboratoire au milieur de l'océan, au-dessus d'une ville insulaire qui a été engloutie, afin d'observer l'accouplement des grands requins blancs. Malheureusement, les requins-taureaux améliorés sont également là avec leur propre objectif d'évolution : se croiser avec les grands requins blancs, plus imposants et plus rapides, afin d'engendrer une nouvelle race de squales..